চক্রান্তের অংশ হিসেবেই হেফাজতে ইসলাম বাংলাদেশের সাবেক আমির আল্লামা শফীর মৃত্যু নিয়ে হত্যা মামলা হয়েছে বলে দাবি করেছেন সংগঠনটির যুগ্ম মহাসচিব মাওলানা মামুনুল হক। নিজের সম্পৃক্ততা অস্বীকার করে পাল্টা আইনি ব্যবস্থা নেয়ার হুঁশিয়ারি দিয়েছেন তিনি।
মামলার বিষয়ে তিনি বলেন, ‘জেনে আমি বিস্মিত হইলাম একটি হত্যা মামলা করা হয়েছে। সেখানে ৩৬ জনের নামে মামলা করা হয়েছে, সেখানে আমার নামটি উল্লেখ করা হয়েছে। অথচ আল্লামা আহমদ শফীর মৃত্যুর পূর্বাকার সকল পরিস্থিতিতে আমি তার কাছাকাছি ছিলাম না। কেন তারা এই ঘটনাটি ঘটাল; আমার নাম সেখানে অন্তর্ভুক্ত করার মাধ্যমে তাদের আসল উদ্দেশ্যটি এখানে স্পষ্ট হয়ে যায়। তারা আসলে আমাদের ঘায়েল করতে চায়। তার (আল্লামা শফী) মৃত্যুর পরে তাকে কেন্দ্র করে, পুঁজি করে তাদের স্বার্থের এই খেলা এ দেশের ধর্মপ্রাণ মুসলমানরা বরদাশত করবে না।
তিনি আরও বলেন, তারা আমার মানহানি ঘটিয়েছে। এ বিষয়ে আমি আইনজীবীদের সঙ্গে আলোচনা করে এবং অন্যান্য দায়িত্বশীল এবং ওলামায়ে কেরামদের সঙ্গে পরামর্শক্রমে তাদের আইনানুগ ব্যবস্থা নেব।
এর আগে আল্লামা আহমদ শফীকে পরিকল্পিতভাবে হত্যার অভিযোগে মামুনুল হকসহ ৩৬ জনকে আসামি করে মামলা দায়ের করা হয়েছে। আহমদ শফীর শ্যালক মাওলানা মাইনুদ্দীন বাদী হয়ে দায়ের করা এই মামলা পিবিআইকে তদন্তের নির্দেশ দিয়েছেন আদালত।  
মামলার অভিযোগে বলা হয়েছে, আল্লামা আহমদ শফীকে হত্যার জন্য ১১ অক্টোবর ফটিকছড়িতে বৈঠক করেন মামুনুল হক। এরপর ১৭ অক্টোবর হাটহাজারী মাদ্রাসায় ঢুকে আল্লামা শফীকে চরমভাবে মানসিক নির্যাতন করা হয়। এমনকি অসুস্থ আহমদ শফীকে চিকিৎসার জন্য মাদ্রাসা থেকে বের করে আনার সময় অ্যাম্বুলেন্স আটকে দিয়ে তার মৃত্যু ত্বরান্বিত করা হয়েছে বলে অভিযোগ আনা হয়েছে। 
গত ১৮ অক্টোবর ঢাকায় চিকিৎসাধীন অবস্থায় মারা যান হেফাজতে ইসলামের আমির আল্লামা আহমদ শফী।